реферат бесплатно, курсовые работы
 

Аллельные варианты генов-кандидатов подверженности туберкулезу у русского населения Западной Сибири

Естественный отбор в теории популяционной генетики является важнейшим фактором эволюции, вызывающим адаптивные изменения в генетической структуре популяций. В случае формирования гаметического неравновесия между маркерами под воздействием естественного отбора, определенные комбинации аллелей разных локусов дают селективные преимущества их носителям и, следовательно, сохраняются при отборе и накапливаются в популяции [Алтухов Ю.П., 2003].

3.2 Анализ связи полиморфизма генов NRAMP1, IL12B, VDR, IL1B, IL1RN с туберкулезом

Туберкулез - инфекционное заболевание, обладающее клиническим полиморфизмом. Специфическая гранулема - субстрат болезни - может развиться в любом органе или ткани [Cтруков А.И., Кауфман О.Я., 1989; Ерохин В.В., Земскова З.С., 2003]. Современная классификация туберкулеза, в основу которой положено два признака: локализация процесса и клинико - рентгенологические особенности форм, насчитывает 23 основных клинических формы туберкулеза [Хоменко А.Г., 1996]. Такое разнообразие проявлений одного заболевания определяют множество факторов. Несомненно, в этом случае играют немаловажную роль свойства самой микобактерии туберкулеза, такие как вирулентность, резистентность к противотуберкулезным препаратам, а также массивность инфекции. От состояния естественных защитных сил организма (барьерная функция слизистой оболочки дыхательных путей и желудочно-кишечного тракта) также будет зависеть исход встречи человека и микобактерии туберкулеза.

Результаты современных генетических исследований не оставили сомнений в существовании наследственной предрасположенности к туберкулезу [Хоменко А.Г., 1996; Чуканова В.П., 2001; Hill A.V.S., 1999]. Они показали, что одной из причин, определяющих такое разнообразие клинических проявлений, является полиморфизм генов, чьи продукты экспрессии вовлечены в патогенез заболевания. В то же время, пока не ясно, какие именно варианты генов имеют решающее значение. В связи с этим важно изучить вклад конкретных сочетаний аллелей в развитие болезни.

В исследованной выборке 304 больных туберкулезом русских жителей г. Томска и Томской области проанализировано распределение генотипов и частот аллелей полиморфизма генов NRAMP1, IL12B, VDR, IL1B, IL1RN (табл. 10). Выявлено отклонение наблюдаемого распределения генотипов полиморфизма B/b гена VDR от ожидаемого при РХВ (?2=6,95; р=0,008) за счет повышенной гетерозиготности (табл. 10). Учитывая неслучайный характер отбора индивидов в выборке, можно предположить наличие вероятного вклада гена VDR в патогенез туберкулеза. Для исследованных полиморфизмов генов NRAMP1, IL12B, IL1B, IL1RN в общей группе больных туберкулезом отклонение от РХВ не показано.

Известно, что у жителей Тувы больных туберкулезом выявлено отклонение от РХВ для полиморфизмов 1465-85G/A и D543N гена NRAMP1 за счет пониженного количества гетерозигот в обоих случаях и для полиморфизмов B/b и F/f гена VDR за счет повышенной гетерозиготности [Рудко А.А., 2004]. Таким образом, как для русских, так и для тувинцев, больных туберкулезом, характерно повышенное количество гетерозигот B/b гена VDR. Сравнение частот аллелей и генотипов у русских и тувинцев, больных туберкулезом, показало статистически значимые отличия для всех исследованных полиморфных маркеров (табл. 11). Максимальная степень отличий частот аллелей и генотипов показана для полиморфизма B/b гена VDR.

Таблица 10 Частоты аллелей и генотипов исследованных полиморфизмов у больных туберкулезом

Ген

Поли-морфизм

Гено-типы

N.O.

N.E.

Частота аллеля

?2

(d.f.)

Hobs

Hexp

D

NRAMP1

469+14

G/C

GG

GC

CC

179

94

6

183,07

85,86

10,07

G=

0,810

2,25

(1)

0,337

0,308

+0,095

D543N

DD

DN

NN

263

14

1

262,23

15,54

0,23

D=

0,971

1,28

(1)

0,050

0,056

-0,099

1465-85

G/A

GG

GA

AA

126

126

27

128,03

121,94

29,03

G=

0,677

0,25

(1)

0,452

0,437

+0,033

274C/T

CC

CT

TT

163

122

14

167,82

112,37

18,81

C=

0,749

2,01

(1)

0,408

0,376

+0,086

IL12B

1188

A/C

AA

AC

CC

162

100

17

161,09

101,82

16,09

A=

0,760

0,05

(1)

0,358

0,365

-0,018

VDR

B/b

BB

Bb

bb

49

168

76

60,37

145,26

87,37

b=

0,546

6,95*

(1)

0,573

0,496

+0,157

F/f

FF

Ff

ff

124

134

40

122,42

137,16

38,42

F=

0,641

0,12

(1)

0,450

0,460

-0,023

IL1B

+3953

A1/A2

A1A1

A1A2

A2A2

169

108

24

165,21

115,57

20,22

A1

0,741

1,16

(1)

0,359

0,384

-0,066

IL1RN

VNTR

A1A1

A1A2

A1A3

A1A4

A2A2

A2A3

другие

158

100

10

1

25

4

1

152,43

110,16

11,53

0,43

19,90

4,17

0,38

A1=

0,714

A2=

0,258

A3=

0,027

6,35

(6)

0,385

0,422

-0,088

Примечание. Обозначения см. табл. 6

Таблица 11 Сравнение частот аллелей и генотипов у русских и тувинцев с ТБ

Полимор-физм

Гено-типы

Частоты (%)

p

Ал-лели

Частоты

p

русские

тувинцы

русские

тувинцы

NRAMP1

469+14 G/C

GG

GC

CC

179 (64,2)

94 (33,7)

6 (2,1)

198 (85)

32 (13,7)

3 (1,3)

0,000

G

0,810

0,918

0,000

D543N

DD

DN

NN

263 (94,6)

14 (5)

1 (0,4)

191 (80,9)

39 (16,5)

6 (2,6)

0,000

D

0,971

0,892

0,000

1465-85G/A

GG

GA

AA

126 (45,2)

126 (45,2)

27 (9,6)

153 (65,7)

63 (27)

17 (7,3)

0,000

G

0,677

0,794

0,000

274C/T

CC

CT

TT

163 (54,5)

122 (40,8)

14 (4,7)

190 (80,5)

45 (19,1)

1 (0,4)

0,000

C

0,749

0,900

0,000

IL12B

1188 A/C

AA

AC

CC

162 (58)

100 (35,8)

17 (6,2)

90 (38,6)

102 (43,8)

41 (17,6)

0,000

A

0,760

0,605

0,000

VDR

B/b

BB

Bb

bb

49 (16,7)

168 (57,3)

76 (26)

3 (1,3)

82 (35)

149 (63,7)

0,000

b

0,546

0,812

0,000

F/f

FF

Ff

ff

124 (41,6)

134 (45)

40 (13,4)

125 (53,6)

102 (43,8)

6 (2,6)

0,000

F

0,641

0,755

0,000

IL1B

+3953 A1/A2

A1A1

A1A2

A2A2

169 (56,1)

108 (35,9)

24 (8)

185 (79,1)

47 (20)

2 (0,9)

0,000

A1

0,741

0,891

0,000

Примечание. р - достигнутый уровень значимости при сравнении частот аллелей и генотипов

У русских с ТБ и здоровых по сравнению с жителями Тувы чаще наблюдали гомозиготный по аллелею В и гетерозиготный генотипы. Среди жителей г. Томска, больных туберкулезом, по сравнению с тувинцами статистически значимо чаще встретились аллели 469+14C, 1465-85A, 274T гена NRAMP1, f гена VDR, и +3953А2 гена IL1В, реже регистрировались аллели 543N гена NRAMP1 и 1188С гена IL12B. В целом можно отметить, что отличия в распределении генотипов и аллелей между русскими и тувинцами были идентичными у больных и здоровых: у русских с туберкулезом преобладали те же аллели генов, что и у здоровых.

При сравнении распределений генотипов и частот аллелей в выборках больных и здоровых лиц, живущих в г. Томске и Томской области, выявлены статистически значимые отличия для полиморфизма 274С/Т гена NRAMP1 и трех генов, принимающих участие в продукции интерлейкинов (табл. 12). Так, у больных туберкулезом статистически значимо чаще регистрировался гетерозиготный генотип 274С/Т гена NRAMP1 (OR=1,66, 95%CI:1,02-2,71; p=0,040). Лица, обладающие гомозиготным генотипом 274С/C чаще встречались среди здоровых (OR=0,54, 95%CI:0,33-0,87; р=0,010). Показаны отличия частот аллелей у больных и здоровых для полиморфизма +3953 А1/А2 гена IL1B (p=0,036) за счет повышения доли аллеля А2 у больных туберкулезом. В тоже время, не найдено отличий при сравнении распределения генотипов этого полиморфизма гена IL1В (табл. 12).

Различия по VNTR полиморфизму гена IL1RN в выборках больных и здоровых касались как частот аллелей, так и частот генотипов. Аллель А2 статистически значимо чаще встречался у пациентов с туберкулезом. При сравнении частот генотипов выявлено более высокое количество гетерозигот А1/А2 у больных туберкулезом по сравнению с контролем (OR=2,10, 95%CI:1,26-3,51, р=0,003) (табл. 12). В противоположность этому у африканцев гетерозиготы по аллелю А2 IL1RN статистически значимо реже встречались у больных туберкулезом, чем в контрольной группе [Bellamy R., Ruwende C., 1998].

Найдена ассоциация полиморфизма 1188А/С гена IL12В с туберкулезом. Установлено, что распределение генотипов и частота аллелей в группах больных и здоровых различаются. В выборке больных статистически значимо чаще встречаются гомозиготы по аллелю 1188С (р=0,035). В данном случае вероятность заболеть туберкулезом обладателей гомозиготного генотипа 1188С/С значимо выше, чем у индивидов с гомозиготным генотипом 1188А/А и гетерозиготным (OR=8,31, 95%CI:1,15-169,30, р=0,030) (табл. 12). Несмотря на отклонение распределения генотипов от ожидаемого при РХВ полиморфизма B/b гена VDR у больных туберкулезом, не показано отличий между больными и здоровыми.

Диагноз туберкулеза устанавливается на основании наличия у больного характерных жалоб, эпидемиологического анамнеза, анамнеза заболевания, клинических симптомов, характерных изменений в общем анализе крови и рентгенологической картины. Однако только при обнаружении микобактерий туберкулеза (МБТ) в мокроте диагноз туберкулеза можно считать верифицированным [Рабухин А.Е.,1976].

Учитывая это, при дальнейшем анализе из общей группы больных была выделена выборка пациентов с бактериовыделением (МБТ+) (n=234). При сравнении распределения генотипов и частот аллелей в группах больных лабораторно подтвержденным туберкулезом и контрольной, найдены статистически значимые отличия для полиморфизма 274С/Т гена NRAMP1, аллельного варианта +3953 А1/А2 гена IL1B, VNTR полиморфизма гена IL1RN и полиморфизма 1188А/С IL12В (табл. 13). Частота аллеля 274Т гена NRAMP1 была выше в группе больных (р=0,009). Показана протективная роль генотипа 274С/С (OR=0,53, 95%CI: 0,32- 0,88, р=0,012).

Таблица 12 Статистические показатели для сравнения частот аллелей и генотипов у больных туберкулезом и здоровых

Ген

Полимор-физм

Гено-типы

Сравнение

OR (95%CI)

Генотипов р

Аллелей р

NRAMP1

469+14

G/C

GG

GC

CC

0,393

0,229

0,74 (0,46-1,18)

1,32 (0,83-2,13)

1,48 (0,27-10,77)

D543N

DD

DN

0,283

0,377

1,66 (0,70-3,88)

0,56 (0,24-1,34)

1465-85

G/A

GG

GA

AA

0,134

0,312

0,70 (0,45-1,08)

1,54 (0,99-2,41)

0,86 (0,42-1,76)

274C/T

CC

CT

TT

0,009

0,020

0,54* (0,33-0,87)

1,66* (1,02-2,71)

2,80 (0,59-18,13)

IL12B

1188

A/C

AA

AC

CC

0,035

0,044

0,72 (0,45-1,13)

1,12 (0,70-1,78)

8,31* (1,15-169,30)

VDR

B/b

BB

Bb

bb

0,925

0,791

0,94 (0,51-1,76)

0,96 (0,60-1,54)

1,10 (0,64-1,91)

F/f

FF

Ff

ff

0,705

0,469

1,20 (0,75-1,93)

0,89 (0,57-1,41)

0,88 (0,46-1,69)

IL1B

+3953

A1/A2

A1A1

A1A2

A2A2

0,108

0,036

0,70 (0,45-1,08)

1,21 (0,77-1,90)

2,32 (0,82-7,10)

IL1RN

VNTR

A1A1

A1A2

A2A2

0,030

0,023

0,57* (0,36-0,88)

2,10* (1,26-3,51)

0,97 (0,45-2,13)

Страницы: 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12


ИНТЕРЕСНОЕ



© 2009 Все права защищены.